Başkanlığımızın Misyonu;

Çevre denizlerdeki seyir emniyetine, bilimsel deniz araştırmalarına ve Deniz Kuvvetleri Komutanlığı unsurlarının harekatına destek sağlamak maksadıyla; emrindeki mesaha unsurlarını ve mevcut imkan kabiliyetlerini kullanarak, askeri ve sivil denizcilere seyir, hidrografi ve oşinografi hizmet ve ürünlerini temin etmek, bu alandaki ulusal koordinasyon ve uluslararası faaliyetleri yürütmektir.